Просветното дело в Панагюрище има тривековна традиция. От 1752 година в града ни съществува килийно училище, в което преподава поп Петър. През септември 1839 година отваря врати взаимното (светско) училище в града ни – „Света Троица”. С това се поставя началото на 170 годишната история на светското училище в Панагюрище, приемник на което е  СОУ „Нешо Бончев”.

В периода 1848-1851 година  взаимното училище прераства в класно. Заслугата е на Атанасий Чолаков.

Главен учител в Панагюрище през 1872 – 1873г.  е Найден Попстоянов, който спомага за образуване на женско дружество „Надежда“. За СУ „Нешо Бончев“ по-важен е фактът, че той и неговият помощник Искрьо Мачев създават първи гимназиален клас в Панагюрското класно училище.

Началото на Панагюрската гимназия се поставя през 1914 -1915 г. Гимназията носи името Нешо Бончев от 1946 година. От 1950-1951 година училището е ЕСУ, от 1963-1964 година е СПУ, от1982 година се преименува в ЕСПУ, а от  учебната 1990-1991г. е СУ „Нешо Бончев“. Училището става член на Асоциацията на Кеймбридж училищата през 2005 год.

През десетдневката в края на м. март всяка година в училището се провеждат Бончеви празници. Организират се състезания, вечери, концерти, изложби, открити уроци, които дават възможност на обществеността да посети и види работата на целия колектив, да усети атмосферата в училището и да вземе участие в училищния живот.

В дългите години на своето съществуване училището е просперирало, благодарение на своите учители, които не са жалели сили, за да предадат своите знания и умения на учениците си. До 1989 год. основната група базови учители са били учители от СУ „Нешо Бончев”.

Всяка година от учредяването на фонд „Райко Чочев”, по случай завършването на зрелостниците, церемонията по връчването на дипломите е съпроводена със спектакъл, създаден от учители на училището и претворен от неговите ученици.

Първият мажоретен състав в Панагюрище е създаден от Кр. Лазарова и той носи на училището и града ни национални и международни награди.

Училищният вестник „Щъркелово гнездо” с редактор М. Динова започва да излиза ежемесечно през 2006 год. Това е единственият училищен вестник в общината, който се списва регулярно. Той е продължител на традициите на ученическия вестник „Бунай” от 40-те год. и вестник „Life” от 2000 год.

През 1996 год. бива учредено УН. Негови председатели са:  Никола Митев, Христо Шондев, Велко Сапунджиев, Панчо Галчев, Николай Колибанеков.